O jogador revelado nas categoria de base do clube teve ascensão no fim de 2015. Titular na Copa do Brasil, teve atuação marcante na final, contra o Santos, quando marcou o meia Lucas Lima. No ano seguinte ele fez 23 partidas pelo Palmeiras, mas perdeu espaço para jogadores como Tchê Tchê, destaque do time na conquista do Campeonato Brasileiro.
Como a contratação de Felipe Melo por três temporadas vai "inchar" o setor, o clube optou por dar a Matheus Sales a experiência de poder atuar pelo Bahia, clube recém-promovido à elite. Antes desse acordo, o Fluminense também sondou o jogador palmeirense. O volante postou neste domingo no Twitter uma foto do escudo do time nordestino com a legenda "Novo desafio pela frente".
Novo desafio pela frente! #BBMP @ECBahia https://t.co/nEcsEXPvm0 pic.twitter.com/sIAjNMBg3p
— Matheus Sales (@MatheusSales) 8 de janeiro de 2017