O último clube do centroavante foi o Nacional, do Uruguai, mas ele pertence a Udinese, da Itália. Pelo tradicional clube sul-americano, o jogador entrou em campo em 33 partidas e anotou 14 gols, média 0.42 por jogo, a melhor da carreira.
Além de balançar a rede, ele se destacou pelas assistências. Aguirre distribuiu sete passes decisivos para os companheiros de Nacional.
Em 2017, Aguirre esteve em campo no confronto das oitavas de final da Libertadores entre Botafogo e o clube uruguaio, quando os cariocas passaram de fase. No Nilton Santos, após fazer falta dura no atacante Guilherme, acabou sendo expulso.
Rodrigo Aguirre não entra em campo desde 26 de novembro do ano passado, quando atuou pelo Campeonato Uruguaio, diante do Defensor. Depois disso, o atacante operou o menisco do joelho direito e está na fase final de recuperação. O último gol do atleta foi em 16 de novembro de 2017, na vitória do Nacional sobre o Cerro.